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Schon in der Antike wie auch heute wurde Hekataios von Milet häufig mit Hekataios von Abdera verwechselt, der ungefähr zwei Jahrhunderte nach Hekataios von Milet lebte. Dieser war ein Grammatiker und Philosoph und vor allem durch Werke über Homer und Hesiod bekannt.

Zu Zeit des Ionischen Aufstandes von 500 v. Chr. bis 494 v. Chr. wird er von Herodot als warnender politischer Ratgeber geschildert. Diodorus Siculus berichtete, das er nach der Niederschlagung dieses Aufstandes einer der Botschafter war, die den persischen Sa Artaphernes dazu überredeten, den ionischen Städten ihre alte Rechtsordnung zurückzugeben.

Hekataios wird heutzutage zu den sogenannten Logographen, den Vorläufern der Geschichtsschreibung und Geografie, gezählt. Diese Einschätzung beruht allerdings nur auf der Überbewertung der schöpferischen Leistung von Herodot. In der Antike galt Hekataios als ein Historiker, der die gleiche Bedeutung wie Herodot besaß. Er ist einer der ersten klassischen Autoren, die das Volk der Kelten in ihren Schriften erwähnt haben.